科學一方通行

本作是《魔法禁書目錄》的第二部外傳，以學園都市排名第一的超能力者「一方通行」為主角，描寫他在本傳部分事件之間，住院療養期間遭遇的另一場騷動。

故事舞台是人口約230萬、其中約八成為學生的「學園都市」。一方通行在住院療養期間遇見神祕少女埃斯特爾・羅森塔爾，並因此被捲入涉及最後之作、死靈術與學園都市黑暗勢力的事件。

學園都市透過特殊課程開發學生的超能力，並依能力強度分為「無能力者（Level 0）」至「超能力者（Level 5）」六個等級。全市僅有七名Level 5，而一方通行排名第一。

最後之作是「妹妹們」之中的20001號個體，也是御坂網路的重要上位個體。一方通行曾為保護她付出重大代價，兩人此後形成彼此依靠的關係；最後之作也成為促使他重新審視自身行動的重要存在。

故事不只描寫科學開發出的超能力，還加入死靈術、人造靈魂及利用遺體製成的戰鬥兵器，使科學側與魔法側的要素產生交集；主軸則聚焦於一方通行如何面對學園都市檯面下的黑暗。