2007年4月新番表

「闇之書事件」（參見《魔法少女奈葉A's》）的10年後。步入19歲的高町奈葉、菲特·T·哈洛溫與八神疾風三人，懷抱著彼此的友情羈絆，為了實現各自的夢想而加入時空管理局，並以一流魔導師的身分活躍著。
在此期間，出現了新發現的太古遺產「聖遺晶石」（Relic），以及以此為目標而現身的神祕機械兵器「共鳴拓發者」（Gadget Drone）。為了迅速應對日後被稱為「聖遺晶石事件」的狀況，八神疾風考量到成立一支能機動反應的獨立部隊的必要性，因而設立了專責處理與太古遺產相關任務的特殊部隊——「機動六課」。
另一方面，時間回溯到四年前。昴·中島在捲入機場火災而命懸一線之際，因為奈葉的搭救而保住一命。由於憧憬著宛如「自己理想中形象」般的奈葉，昴在當晚的滿天星空下，立下了「成為管理局魔導師」的決心。
四年後，歷經一番波折而順利成為管理局新進魔導師的昴，與訓練校時代的搭檔蒂雅娜·蘭斯特共同挑戰魔導師的升格測驗。在遠處注視著兩人測驗的，正是將她們視為「機動六課」明日之星而投以關注的疾風與菲特，以及奈葉。在三人的注視下，伴隨著琳芙斯Ⅱ宣告測驗開始的聲音，正式拉開了《StrikerS》故事的序幕。