偵探已經死了。

故事始於四年前，擁有特殊體質、容易捲入麻煩的男高中生君塚君彥，在萬米高空中的飛機上，被自稱名偵探的少女希耶絲塔選定為助手。兩人展開了長達三年的環遊世界冒險，與秘密組織「SPES」對抗，直到希耶絲塔不幸身亡。一年後，希耶絲塔的死留下了巨大的空白，而這場關於「名偵探已死，但故事仍在繼續」的冒險，則隨著新夥伴的加入再次啟程，引領君塚重回過去與現在交織的謎團中。

男主角君塚君彥是前「名偵探」希耶絲塔的助手，在失去摯友後原本過著平凡的高中生活。隨後，他因故與接受過心臟移植的女同學夏凪渚、身為國民偶像的少女齋川唯，以及其他擁有不同背景與目標的夥伴相遇。這些角色多因與希耶絲塔過去留下的線索、遺志或「SPES」組織的威脅而產生連結，進而圍繞在君塚身邊，共同解開關於過去的真相。

本作中存在著威脅人類安寧的秘密組織「SPES」，該組織擁有人造人技術，能創造出具有異能的個體，成為偵探與助手的主要敵人。此外，故事中隱含著關於「心臟移植」、「記憶」與「人造器官」等關鍵元素，這些設定不僅推動了案件的發生，也是角色間關係連結與揭開「名偵探」真實經歷的重要環節。