我的妹妹哪有這麼可愛！第二季

哥哥高坂京介（17歲）和妹妹高坂桐乃（14歲）兄妹兩人的關係近幾年處於冷戰狀態。從某個時間點開始，桐乃看到哥哥時連打招呼都沒有，只會用像是看到髒東西般的眼神瞪他。京介認為這種關係也會一直持續下去。
某天，京介在門口撿到從來沒看過的魔法少女動畫《星塵☆小魔女梅露露》的DVD盒子，裡面竟然不是動畫的DVD，而是成人遊戲《和妹妹戀愛吧~》的光碟。京介在晚餐時用梅露露的話題試探誰是光碟的物主，但只得到父母充滿偏見的否定意見。
就在那天晚上，連打招呼都不會的妹妹突然來到京介房間，並且說她有事情想要商量。原來桐乃迷上了萌系動畫以及美少女遊戲中的妹系角色，卻都不敢告訴別人，只能一直悶在心裡。被哥哥知道了自己的祕密後，從此開始了和哥哥之間的「人生諮詢」。