通往夏天的隧道，再見的出口

故事設定在一個流傳著奇異都市傳說的鄉下小鎮。核心主軸圍繞著高中生塔野薰與轉學生花城杏子，兩人為了探索傳說中能實現任何願望的「浦島隧道」，並藉此實現各自深藏內心的願望，進而結成合作同盟，共同展開一連串的試驗與調查。

根據小鎮的都市傳說，進入「浦島隧道」的人能夠實現心底最渴望的願望。然而其獨特的規則在於「等價交換」，隧道內部與外界存在著極端的時間差，在隧道內度過的短暫時刻，等同於外界流逝的龐大時間。探索者必須以失去自己的「時間（歲月）」作為代價。

男主角塔野薰因過去一場意外失去了親妹妹，導致家庭破碎，他渴望透過隧道找回逝去的妹妹；轉學生花城杏子性格看似冷傲孤僻，實際上卻懷抱著想要獲得某種「才能」以證明自身價值的強烈執念。兩人在隧道前偶然相逢，因為各自的缺乏與渴望而決定攜手合作。

為了適應劇場版的電影篇幅，動畫在劇情編排上進行了濃縮與刪減。電影版大幅度聚焦於塔野薰與花城杏子兩人之間的情感發展以及探索隧道的過程，並刪減或淡化了原著中部分配角（如川崎小春等）的支線劇情與戲份，讓故事核心更集中於男女主角的心境轉變與羈絆。