名偵探柯南 黑鐵的魚影

位於東京八丈島臨海所建的海洋設施「太平洋浮標」，為了正式啟動連結世界各地警察機構的即時影像監視器系統，因此廣邀世界各國的工程師，為連線歐洲刑警機構的監控網路系統來進行共同研發，而應用臉部辨識的某個「新技術」也同時一併進行了測試。
另一方面，在園子的招待下，柯南與少年偵探團也為了賞鯨來到八丈島。柯南接到沖矢昴（赤井秀一）的電話，得知歐洲刑警機構職員在德國被琴酒殺害的訊息。對此深感不妙的柯南，決定跳上開往「太平洋浮標」的專屬警備艇企圖潛入設施，而黑田兵衛等警視廳相關人員正好也在艇內。
此時，設施內正為了啟動系統而進行各種準備，卻發生了女工程師遭黑衣組織綁架事件！而她所持有的記錄著某個重要情報的USB也不幸落入黑衣組織手中…。
深海中發出令人顫慄的金屬摩擦聲，而在八丈島過夜的灰原身旁也出現不明黑影，悄悄地逐步逼近……

當絕不能碰觸的被開啟時，
遭封印的過去，如今浮出水面――