數碼寶貝3 馴獸師之王 冒險者的戰鬥

故事發生在暑假期間，主角啟人獨自前往沖繩探望表哥時，意外捲入了一場由神祕「電子寵物軟體（V-Pet）」引發的全球網路危機。啟人與表哥救下了被邪惡數碼寶貝追殺的少女上原美波，並與隨後趕來的留姬、建良會合，共同阻止企圖利用該軟體毀滅人類世界的幕後黑手。

上原美波是本片的關鍵人物，她的父親是引發全球流行熱潮的「電子寵物軟體」開發者。美波隨身的筆記型電腦中藏有一隻名為「石獅獸」的特殊數碼寶貝，這隻數碼寶貝其實是她父親為了保護女兒，以及對抗隱藏在軟體中的惡意病毒而特別植入的專屬疫苗程式。

怨念深重的邪惡數碼寶貝「梅菲斯獸」企圖毀滅現實世界。牠偽裝成人類企業家，將帶有惡意病毒的電子寵物軟體免費推廣至全球。當軟體在全球廣泛被下載使用時，牠便能藉此大舉入侵並癱瘓人類的電腦與通訊網路，引發全球性的系統崩潰與恐慌。

本片將主要的冒險舞台從電視版的東京新宿延伸到了充滿熱帶風情的「沖繩」。在面對危機初期，主角群呈現分散狀態：啟人在沖繩孤軍奮戰保護少女，而留在東京的留姬與建良則負責清理各地因系統異常而出現的敵對數碼寶貝，隨後才透過特殊方式跨海集結，展現了兵分多路最終匯合的作戰模式。