來自深淵 覺醒的神祕

本作是TV動畫《來自深淵》第二季《烈日的黃金鄉》的續篇作品，並以系列劇場版形式推出。

在每個角落都被探索殆盡的世界中，唯一殘存的祕境大洞「深淵（Abyss）」。
在這個不知延續至何方、深邃巨大的垂直洞穴裡，棲息著奇妙怪異的生物們，並沉睡著當今人類無法製造的珍貴遺物。
「深淵」充滿不可思議的樣貌令人著迷，驅使著人們展開冒險。
於是，無數次挑戰大洞的冒險者們，漸漸地開始被稱為「探窟家」。

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居住在建立於深淵邊緣的城鎮「奧斯」的孤兒莉可，夢想著有一天能成為像母親一樣偉大的探窟家，解開深淵的謎團。
某天，以發現母親・萊莎的白笛為契機，莉可下定決心要潛入深淵的深處。
而被莉可撿到的失憶機器人・雷格，為了尋找自己的記憶，也決定與她同行。

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莉可在深界四層飽受猛獸「穿彈獸」的毒素折磨。
拯救了莉可的，是生骸「娜娜奇」。
讓娜娜奇加入成為同伴後，三人繼續推進冒險，前往波多爾多所在的深界五層。
他們在那裡遇見了一名叫作普魯修卡的女孩，她由波多爾多撫養長大，對外界一無所知。
普魯修卡為莉可的冒險故事著迷，期盼能一起去冒險，卻不幸被波多爾多利用於實驗之中。
然而，普魯修卡改變了型態，成為了莉可的白笛，一行人接著邁向深界六層「不還之都」。
在那裡，存在著生骸們秉持獨特價值觀生活的「生骸村」，以及公主・法普妲。
因法普妲的「願望」而獲得解放的村子走向崩潰，莉可等人邀請法普妲加入，朝著深界七層前進。